Shin'ichi Izumi ist nicht zu beneiden. Ein rätselhafter "Parasit" hat sich eines Tages in seinen Körper eingeschlichen und ist nun sein ständiger Begleiter. Nach und nach erfährt Shin'ichi, dass er nicht der einzige ist, dem derlei passiert. Ein Parasit hat Shin´ichis Mutter getötet und ihren Körper vollständig okkupiert. Und nicht nur das, nachdem Shin'ichi einen Leidensgenossen kennengelernt hat, kommt es zum Kampf gegen den Feind, der den Körper seiner Mutter übenommen hat! Während Shin'ichi sich mehr und mehr seiner inneren Veränderungen bewusst wird, fährt Ryouko Tamiya fort, im Hintergrund finstere Pläne zu schmieden. Bald ist die Existenz der rätselhaften Eindringlinge nicht mehr vor der Bevölkerung zu verheimlichen, und an der Schule kommt es zu einer Katastrophe…